اضطرت القيادة العسكرية للجيش في حينه لإطاحة عمر البشير وتسلّم السلطة عبر مجلس عسكري انتقالي برئاسة المفتش العام للجيش وقتها الفريق عبد الفتاح البرهان، وينوب عنه قائد قوات «الدعم السريع» الفريق محمد حمدان دقلو «حميدتي»، وضباط عسكريون آخرون أبرزهم الفريق شمس الدين الكباشي، والفريق ياسر العطا.
إلا أن المحتجين رفضوا أن يتسلم العسكر السلطة، واعتبروه «تحايلاً» على ثورتهم، فواصلوا اعتصامهم واحتجاجاتهم بقيادة تحالف «قوى إعلان الحرية والتغيير» و«تجمع المهنيين السودانيين»، مطالبين بتسليم السلطة لقادتهم المدنيين. لكن العسكر الطامعين في الحكم استخدموا القوة المفرطة لفض الاعتصام، فقُتل نتيجة للعنف والرصاص والإلقاء مقيدين في نهر النيل أكثر من مائة معتصم مدني إضافة إلى عشرات المفقودين، فضلا عن حملة اعتقالات واسعة.