ويضيف المؤرخ البريطاني أندرو روبنسون، في دراسته "فك الشفرة المصرية: حياة جان فرانسوا شامبليون الفريدة" أن يوحنا شفتشي كان مصاحبا للجيش الفرنسي في مصر، وقدم بعد ذلك مساعدات للجنة العلوم المعنية بنشر موسوعة وصف مصر.
استفاد شامبليون من أحاديثه المستمرة مع الكاهن شفتشي منذ نهاية عام 1807، ويقول لاكوتور: "كانت هذه العلاقة بالنسبه له كنزا لا يفنى، إلا أنه اكتشف أيضا في المكتبة الإمبراطورية مخطوطا باللغة القبطية ظهرت فيه أسماء المدن المصرية مكتوبة بطريقة تؤكد افتراضاته، وأيده في ذلك دوم رافائيل".
ويضيف: كان شامبليون يعترف عام 1809 أنه لا يزال يبحث عن طريقه، وأنه يواجه صعوبات حتى في تحديد أسس بحثه، لذلك فهو يعمل بجد ليتمكن من اللغة القبطية، فهو على يقين أنه يقف على أرض صلبة يمكن أن يشيد فوقها وهو مطمئن.
تأكد شامبليون من أن المرحلة القبطية هي آخر مراحل الحديث بلغة مصر الأصلية، (وكلمة "قبط" تعريب لاسم مصر اليوناني "إيجيبتوس" الذي سقط مقطعاه الأول والأخير)، ونمت لديه قناعة بثبات أسماء الأعلام على مر العصور، وبفضل معرفته أيضا باللغة العربية، كان يستشف من أسماء المدن والأماكن في مصر، ما يكمن وراء الحروف العربية من أصوات أساسية تعيده إلى الأصل الصوتي للاسم في نطقه القبطي.
وتتبع شامبليون الخيط الصوتي مهتديا بفكرة إغفال استعارة اللغة القبطية للأحرف اليونانية في تسجيل أصواتها، وفطن إلى أن اليونانيين الذين احتلوا مصر أطلقوا على الأماكن أسماء مستمدة من أساطيرهم، في حين احتفظ المصريون بأسماء المدن الأصلية، حتى بعد دخول العرب مصر، واصلوا تسمية المدن بأسماء موروثة ولكن بأحرف عربية.
أيقن شامبليون أن القبطية لا تزال حية فانصب اهتمامه على البحث في تراكيبها وأصواتها بدقة، رغبة في أن يبرهن على أن الرسوم الهيروغليفية عبارة عن حروف لغة منطوقة ينبغي أن تحدد صوت كل حرف من حروفها بعيدا عن تأويل الصور المنقوشة على حجر أو بردية.
انغمس شامبليون في دقائق القبطية، وجمع قواعدها ووضع معجما لمختلف لهجاتها، بل راح يترجم إليها كل ما يخطر بباله من عبارات بل ويخاطب نفسه بها، وهو ما يؤكده في رسالة إلى شقيقه جاك-جوزيف عام 1809، أوردها لاكوتور في دراسته قائلا: "أما عن اللغة القبطية فأنا لا أفعل أي شيء آخر، فأنا لا أحلم إلا بالقبطي، ولا أفعل غير هذا، لا أحلم إلا بالقبطي، المصري".
ويشير سوليه، في دراسته، إلى مضمون رسالة كتبها شامبليون عام 1812 يؤكد فيها عثوره على مفتاح حل اللغز: "استسلمت تماما لدراسة القبطية، كنت منغمسا فيها لدرجة أنني كنت ألهو بترجمة كل ما يخطر ببالي إلى القبطية. كنت أتحدث مع نفسي بالقبطية... ولفرط ما تفحصت هذه اللغة كنت أشعر أنني قادر على تعليم أحدهم قواعدها في يوم واحد، ولا جدال أن هذه الدراسة الكاملة للغة المصرية تمنح مفتاح المنظومة الهيروغليفية، وقد عثرت عليه".
كانت القبطية تتردد في ذهن شامبليون وهو يعكف على دراسة الكتابة الهيروغليفية ويقارن بين حروف اسم "كليوباترا"، وحروف اسم "بطليموس"، ولاحظ اشتراك الاسمين في خمسة أصوات، وأن حرف "اللام" في الاسمين عبارة عن رسم أسد، والأسد في القبطية "لابو"، كما لاحظ غياب صورة النسر في اسم بطليموس على حين يتكرر النسر مرتين في اسم "كليوباترا" مكان حرف الألف، والنسر بالقبطية "أخوم"، أما صورة الفم، وهو بالقبطية "رو"، فتقوم مقام حرف الراء في كلمة كليوباترا، أي أن صوت الحرف الهيروغليفي المصور هو عبارة عن صوت الحرف الأول من الكلمة القبطية التي يرسم مدلولها.
ويقول شامبليون في نص "رسالة إلى مسيو داسييه" الشهيرة، التي نشرها فيرمان وديدو، صاحب مطبعة "الملك والإنستيتو"، في نهاية أكتوبر/تشرين الأول 1822: "من أجل التعبير عن الأصوات والنطق، ولكي يشكلوا بذلك كتابة صوتية، أخذ المصريون هيروغليفيات تمثل أشياء مادية وتعبر عن أفكار تبدأ أسماؤها أو الكلمات الدالة عليها في لغة الكلام بالحرف المتحرك أو الساكن الذي يراد تصويره".
كان عمر شامبليون 31 عاما عندما ذهب فى 14 سبتمبر عام 1822 إلى أكاديمية النقوش والآداب، محل عمل شقيقه جاك-جوزيف، معلنا: "المسألة الآن فى حوزتى وضعت يدي على الموضوع"، فقد تمكن للتو من كشف غموض الكتابة الهيروغليفية بعد أن قضى عقدين منكبا على دراسة اللغات القديمة، وعلى رأسها اللغة القبطية.
كتب شامبليون نتائج بحثه فى رسالة شهيرة تُعرف باسم "رسالة إلى مسيو داسييه"، أمين أكاديمية العلوم والفنون، فى 27 سبتمبر/أيلول عام 1822، وبعد عامين كتب دراسة بعنوان "موجز منظومة اللغة الهيروغليفية عند المصريين القدماء"، وضح فيها تلك المنظومة بعبارة قال فيها: "إنها منظومة مركبة، يشمل كل نص بل وكل جملة على كتابة منقوشة تمثل رمزا ونطقا فى آن واحد".
حصل شامبليون على عضوية أكاديمية النقوش و الآداب فى مايو عام 1830، وعُين في منصب أستاذ فى "الكوليج دى فرانس" سنة 1831، فى تخصص أُنشيء خصيصا له، وهو الآثار المصرية، وجاء في نص الإعلان عن محاضراته الافتتاحية ما يلي:
تحت عنوان (علم الآثار) سيعرض السيد شامبليون الصغير، عضو المجمع العلمي مباديء المنظومات المختلفة للكتابة الخاصة بمصر القديمة – وهو بصدد تطويره لسلسلة قواعد اللغة المستخدمة في النصوص الهيروغليفية والهيراطيقية، وسوف يوضح التماثل بين اللغة القبطية ولغة المصريين القدماء.
ألقى شامبليون محاضرات معدودة، واضطرته ظروف مرضه وتدهور حالته الصحية إلى التوقف عن إلقاء محاضراته، في الوقت الذي كان يصارع فيه الزمن لنشر كتابين، "قواعد" و"معجم" للغة المصرية، حتى يجعل منهما التجميع البراق والنهائي لاكتشافه العلمي قبل أن يتوقف قلمه إلى الأبد.
رحل شامبليون فى فجر الرابع من مارس 1832 عن عمر ناهز 42 عاما، ولم يكن قد انتهى بعد من كتابيه، فأتمهما شقيقه جاك-جوزيف ونشرهما بعد ذلك في عام 1841.
في كنيسة سان روش أقيمت مراسم الجنازة في السادس من مارس، نفس الكنيسة التي كان لها أبرز دور في حياته، والتي فيها سمع في صلواتها للمرة الأولى اللغة القبطية، وفيها تعلمها على يد الكاهن يوحنا شفتشي، ودُفن شامبليون فى مقابر بيير لاشيز في باريس، وأقيمت بجوار قبره مسلة من الصلصال الرملى.
لعبت القبطية دورا بارزا في تاريخ مصر القديم وفي حياة شامبليون القصيرة، استطاع من خلالها أن يسجل اسمه ضمن قائمة أهم علماء القرن التاسع عشر بإنجاز علمي ضخم، كاشفا بها أسرار كتابة مصر المقدسة، ليبقى اسمه حيا بها كما قال: إن كياني كله لمصر، وهي لي كل شيء.