جرى تشكيل جيش تحرير بلوشستان كتنظيم سياسي عام 2000، لكنه بدأ في الانخراط بنشاط في ممارسة الإرهاب بعد مقتل الزعيم القبلي للبلوش سردار أكبر بهتي على يد قوات شبه عسكرية عندما كان الجنرال مشرف رئيسا للبلاد.
من جهتها، تعتقد الاستخبارات الباكستانية أن بارامداغ بهتي، حفيد زعيم القبيلة القتيل، الذي يعيش في منفاه في سويسرا، يتزعم جيش التحرير البلوشي. ويعتقد بعض المحللين الباكستانيين أنه رغم تشكيل جيش تحرير بلوشستان في عام 2000، فإنه يعتبر في الأساس استمراراً لحركة التمرد السابقة في بلوشستان الباكستانية التي بدأت عام 1973.
ويقول محللون وخبراء أمنيون باكستانيون إن الاستخبارات السوفيتية (كي جي بي) والعراقية كانتا وراء تشكيل جيش تحرير بلوشستان.في تلك الأيام من الحرب الباردة، كانت باكستان في المعسكر الأمريكي، وكان الانفصاليون البلوش يشنون تمرداً بمساعدة الاتحاد السوفيتي.
واكتشفت الاستخبارات الباكستانية مخبأً كبيراً للأسلحة والذخيرة داخل السفارة العراقية في إسلام آباد كان من المفترض إرسالها إلى الانفصاليين البلوش في بلوشستان. وبعد ذلك، اكتشفت الشرطة أسلحة في أجزاء أخرى من السفارة، واكتشفت الشرطة 300 بندقية آلية، وآلاف الطلقات، ومعدات اتصال. كانت الصناديق تحمل شعار وزارة الخارجية العراقية، وعليها كذلك شعار الخطوط الجوية العراقية. وجرى نقل الصناديق إلى إسلام آباد من كراتشي عبر رحلات طيران شركة الخطوط الجوية الباكستانية.
وحاول السفير العراقي حينذاك، إلقاء اللوم على الملحق السياسي العراقي، الذي كان، حسب زعمه، قد ذهب إلى كراتشي في إجازة. وإثر ذلك، أعلنت باكستان أن السفير العراقي والملحق السياسي شخصان غير مرغوب فيهما، واستدعت سفيرها من بغداد.
وذكرت صحيفة جانغ أن الشرطة صادرت 300 بندية آلية سوفياتية الصنع، و32 ألف طلقة و303 بنادق، و10.000 طلقة. وقد بث راديو باكستان برنامجاً بعنوان باكستان مستيقظة، ناقش رواية شاهد عيان حول اكتشاف أسلحة في السفارة. وفي البرنامج ذاته جرى بث مقابلة مع السفير العراقي، والذي أصر على نفي أي علاقة له بهذه الصناديق. وظل يكرر أن تفتيش مجمع السفارة جاء منافياً للأعراف الدبلوماسية. كما بث البرنامج أيضا مقابلة مع صحفيين عرب قالوا للإذاعة إن الشعب العراقي لا علاقة له بهذا الحادث، لأنه لا يمكن أن يفكر في إلحاق الضرر بدولة مسلمة.
جدير بالذكر أنه عام 2004، بدأ جيش تحرير بلوشستان، صراعاً عنيفاً مع باكستان من أجل نيل شعب البلوش تقرير مصيره وفصل بلوشستان عن باكستان. وأعلنت باكستان جيش تحرير بلوشستان منظمة إرهابية في السابع من أبريل 2006 بعد عدة هجمات ضد قوات الأمن الباكستانية.
وخلال عهد الرئيس الأفغاني السابق أشرف غني، كان لدى جيش تحرير بلوشستان معسكرات في أفغانستان وكان العديد من قادته يقيمون في كابل. بعد أغسطس 2021، طردت طالبان الأفغانية جيش تحرير بلوشستان من أفغانستان. وأعلنت حكومة الولايات المتحدة والمملكة المتحدة جيش تحرير بلوشستان منظمة إرهابية، ما أضفى شرعية دولية على العمليات العسكرية للحكومة الباكستانية في بلوشستان. في 15 أبريل 2009، دعا الناشط البلوشي بارامداغ خان بهتي مقاتليه إلى البدء في قتل غير البلوش المقيمين في بلوشستان، وطلب منهم استهداف المدنيين، كما شرع مقاتلوه في شن هجمات تستهدف السكان البنجاب بعد فترة قصيرة، ما تسبب في مقتل حوالي 500 شخص.
يذكر أنه بعد تفكك الاتحاد السوفيتي، بدأت الهند في توفير الأسلحة والتدريب والتمويل لمنظمة جيش تحرير بلوشستان. ومع ذلك، يعتقد خبراء باكستانيون أن مساعدة الهند لجيش تحرير بلوشستان ليست كبيرة، نظراً لأن المنظمة لم تنجح في تعطيل إدارة باكستان لبلوشستان.
كما يعتبر جيش تحرير بلوشستان منظمة علمانية، وان كانت هويته الطائفية سنية. وقد يكون هذا السبب في أنه طور في الفترة الأخيرة علاقته مع حركة طالبان الباكستانية. ويعتقد خبراء باكستانيون أن جيش تحرير بلوشستان وحركة طالبان الباكستانية قد شنا العديد من العمليات المشتركة ضد قوات الأمن الباكستانية في الماضي القريب.