أجرى أول رئيس يساري يصل سدة الحكم في كولومبيا، تغييرات واسعة في قيادات الجيش والشرطة وذلك بعد أقل من أسبوع من توليه السلطة.
واعتبر جوستافو بيترو أن المعايير التي وصل بها القادة إلى مناصبهم لم تخضع لأدنى معايير الحقوق الأساسية، واختيار القادة الآن تم على أساس النزاهة الكاملة والعدالة في الحقوق.
وقال إن نجاح المنظومة الأمنية لا ينبغي أن يقاس بعدد القتلى الذين نتمكن من القضاء عليهم، بل في تقليص عدد المنحرفين وفي إعلاء الحق والحرية.
وعلى مدار 6 عقود من الحرب الأهلية في كولومبيا، عرفت قوات الأمن الكولومبية بسوء السمعة بسبب انتهاكات حقوق الإنسان وفضائح الفساد التي لاحقتها.
وعد بيترو خلال حملته الانتخابية، برفع الحصانة عن قوات الجيش والشرطة ليصبح بالإمكان مقاضاتهم أمام المحاكم المدنية، كما وعد بعزل اختصاصات الأمن الداخلي عن مهام الجهات العسكرية.